La Mission de Suse a été dirigée par Jean Perrot à partir de 1968. Elle reçoit ses crédits de recherche du ministère français des Affaires étrangères et bénéficie pour la préservation, la restauration et la mise en valeur des ruines et des objets, de fonds du gouvernement iranien (Office national de protection des monuments historiques d'Iran et de la Direction générale des antiquités et des musées de l'Iran) et occasionnellement de fondations privées. La Délégation archéologique française en Iran (DAFI) lui apporte un soutien sur le plan du personnel et de l'équipement.

Pour mener à bien les fouilles de Susiane et de Suse, Jean Perrot confie la responsabilité des différents chantiers à des chercheurs en majorité du CNRS (RCP 50 et RCP 362 sous la direction de J. Perrot, URA 19 Iran-Sud du Centre de recherches archéologiques/CRA, sous la direction de G. Dollfus, Unité d'archéologie islamique dirigée par J. Thomime-Sourdel) ainsi qu'à des universitaires américains (Ann Arbor Michigan, et UCLA). Chaque année des stagiaires-jeunes chercheurs iraniens sont envoyés à Suse par la Direction générale des antiquités et des musées de l'Iran pour participer aux fouilles et suivre chaque jour des cours théoriques. La formation de jeunes archéologues iraniens est pour J. Perrot et ses collègues une priorité.

Les chercheurs, stagiaires iraniens, français et étrangers, techniciens et personnel pendant les saisons de fouilles sont hébergés et ont leurs laboratoires dans le "château de Suse" construit sur le site par J. de Morgan. Grâce aux recommandations de l'ambassadeur de France, R. de Souza, des donations d'entreprises françaises travaillant en Iran permettent d'agrandir le secteur hôtelier : chambres pour les stagiaires et grande salle à manger.

Pluridisciplinaire et internationale, la mission de Suse a pour "objectif à long terme une évaluation globale du développement de la région de Suse et du Sud-Ouest de l'Iran, depuis les origines en recourant à l'analyse des variations du milieu naturel, de la population et de la structure de ses centres, de la modification des stratégies de subsistance, de l'évolution des échanges inter-régionaux, des aspects successifs de l'intégration politique. La condition première de cette étude est l'établissement d'une séquence archéologique solide, liée à un cadre chronologique aussi précis que possible" (Dossiers Histoire et Archéologie, n° 138, 1989, p.14). Ainsi, afin de couvrir toute l'histoire de Suse et de la plaine où elle s'est installée (du VIe millénaire au XIIe siècle après J.-C.) un programme de recherches stratigraphiques est lancé par Jean Perrot dès 1968. Plusieurs chantiers sont alors successivement ouverts dans la région de Suse et dans différents secteurs de l'agglomération : tepes Djaffarabad, Djowi et Bendebal, tepe de l'Acropole de Suse, tepe de la Ville Royale, tepe de l'Apadana, secteur du Chaour, tepe des Artisans et ville moderne de Suse. Les recherches de la mission française sont menées de concert avec celles que conduisent activement dans la même région, les différentes missions américaines ainsi qu'en étroite collaboration avec les archéologues iraniens, et notamment le Centre iranien de recherches archéologiques.

A la fin de chaque campagne de fouilles, chaque chantier fait l'objet d'un rapport illustré graphiquement et photographiquement dont un exemplaire est adressé à Téhéran au Centre de recherches archéologiques iranien, un autre au ministère français des Affaires étrangères et au Centre de recherches archéologiques (CNRS). Un double des fiches, traduit en persan par le représentant du Département des antiquités et les stagiaires, est également remis au Centre de recherches archéologiques iranien de Téhéran.

Tout le matériel archéologique (poterie, objets en pierre, en métal, en os, tablettes, monnaies, figurines, restes animaux et humains, etc.) retrouvé au cours des fouilles, est classé et rangé dans les réserves aménagées pour ce faire dans le "château", ou déposé dans les nouvelles réserves du musée de Suse. Les objets les plus intéressants sont remis au musée de Suse pour présentation au public. Le musée, créé par R. Ghirshman, a été agrandi avec l'aide de la mission française par l'Office des musées d'Iran (province du Khuzistan). Au début de la mandature de J. Perrot, il a été mis fin au "partage entre l'Iran et la France" des objets retrouvés lors des fouilles. Tous doivent rester en Iran, à Suse.

En 1979 les travaux de terrain sont interrompus à Suse.

Les résultats des travaux conduits entre 1968 et 1979 font, chaque année, l'objet d'articles dans les actes des symposiums de la recherche archéologique tenus annuellement à Téhéran.

La quasi-totalité du matériel archéologique est publiée dans les quinze volumes des Cahiers de la Délégation archéologique française en Iran coordonnés par G. Dollfus et publiés par l’association Paléorient (distribution : éditions Faton). Par aillleurs, deux colloques internationaux ont eu lieu à Suse en 1977 et au centre culturel régional de Cirey-les-Bellevaux en 1985. Publiés dans la revue Paléorient, ils ont permis aux archéologues de proposer les premières synthèses. Un important ouvrage, coordonné par J. Perrot, concernant le Palais de Darius, a été publié en 2010 ( Perrot Jean dir., Le palais de Darius à Suse , Une résidence royale sur la route de Persépolis à Babylone, Paris : PUPS, 2010).