La Mission pré- et protohistorique du Jawf-Hadramawt a été créée en 1993 sous la direction de Marie-Louise Inizan, archéologue préhistorienne, directrice de recherche honoraire au CNRS et Michel Mouton, archéologue spécialiste de l'Arabie pré-islamique, chargé de recherche au CNRS.
Cette mission succède à la Mission préhistorique au Yémen du Sud, dirigée par Marie-Louise Inizan entre 1983 et 1992 et au programme "Peuplement ancien du Yémen" co-dirigé par M.L. Inizan et Serge Cleuziou, professeur à l'université Paris 1. Ce programme qui débute en 1988 se poursuit en 1992 et 1993.
En 1996, Michel Mouton prend la direction de la mission dont l'intitulé devient "Mission Archéologique Française dans le Jawf-Hadramawt, République Arabe du Yémen".
Anne Benoist, archéologue, chercheur au laboratoire Archéorient (MSH Maison de l'Orient et de la Méditerranée) lui succède en 2006.

Cette mission regroupe des équipes de recherche qui travaillent sur l'occupation humaine, de la préhistoire aux royaumes antiques, dans les basses terres du Yémen.
Le programme a d'abord porté sur la préhistoire dans la région du Ramlat as-Sab'atayn puis S. Cleuziou oriente les recherches vers le peuplement protohistorique et les royaumes antiques à partir de 1992. La Mission Archéologique Française dans le Jawf-Hadramawt est financée par le Ministère des Affaires étrangères.