Les travaux de la Mission archéologique de Junin débutent en 1974 par les fouilles de l'abri sous roche de Telarmachay (province de Junin, Pérou). Après le repérage du site à la fin de la première campagne de prospection en septembre 1974, des fouilles sont conduites sous la direction de Danièle Lavallée, directrice de recherche au CNRS, dans le cadre de l'Institut français d'études andines à Lima où venait d'être créée une section d'archéologie. A partir de 1977, les fouilles se poursuivent en partenariat avec l'unité de recherche associée n°25 du Centre de recherches archéologiques du CNRS "Préhistoire des régions andines" nouvellement créée.
Le projet était d'étudier un petit secteur des Andes centrales du Pérou alors que le moment et les modalités de la domestication des camélidés étaient pratiquement inconnus pour cette région. Le haut plateau de la Puna péruvienne fut désigné comme pouvant dévoiler l'origine et l'explication de cette domestication, élément majeur du développement culturel andin.
Financées par la Commission consultative des recherches archéologiques à l'étranger du ministère des Affaires étrangères et par le CNRS, les recherches sont menées par une équipe franco-péruvienne de préhistoriens français et étudiants péruviens jusqu’en 1980. Les fouilles sont ensuite suivies de plusieurs campagnes d'étude entre 1981 et 1985 pour préparer la publication des recherches.
L’abri sous roche de Telarmachay est désigné aux archéologues par les habitants du village voisin de San Pedro de Cajas. Il se situe dans les Andes centrales du Pérou, province de Tarna, département de Junin, Bassin du Shaka-Palcamayo, sur le haut plateau de la Puna de Junin (bordure est) à 1,5 kilomètre du petit lac glaciaire de Parpacocha, à 4420 mètres d'altitude. L'abri est constitué par une échancrure peu profonde (2,5 à 3 mètres) longue de 8 mètres, creusée au pied d'une falaise calcaire. Le climat y est rude, les sols steppiques sont pauvres et de faible épaisseur.
L'objectif de la mission française était de découvrir les conditions spécifiques d'occupation et d'exploitation de ce site de haute altitude, situé au-delà du seuil supérieur de l'agriculture. Elle souhaitait par ailleurs confronter les résultats de cette fouille avec la thèse de " transhumance " andine (mouvements de population). Un sondage préliminaire puis des fouilles intensives effectuées sur une superficie de 35 m2 ont révélé un remplissage archéologique allant de 0,80 à 3 mètres d'épaisseur. L'équipe de fouilles a effectué vingt et un décapages successifs selon la méthode de fouille mise en place en France par André Leroi-Gourhan et mit au jour huit unités culturelles :

Phase VII. Précéramique ancien, entre 6900 et 5200 av. J.-C.
Phase VI. Précéramique, entre 5200 et 4800 av. J.-C.
Phase V inférieure et supérieure. Précéramique, entre 4800 et 2950 av. J.-C.
Phase IV. Précéramique récent, entre 2500 et 1700 av. J.-C.
Phase III. Période initiale et Formatif, entre 1700 et 650 av. J.-C.
Phase II. Formatif, entre 650 et 170 av. J.-C.
Phase I. Empire inca et Intermédiaire récent, entre le XIIIe siècle et le XVe siècle de notre ère.

Les fouilles puis l'étude et l'analyse des vestiges ont été menées dans une optique ethnologique, l'objectif étant de retracer l'histoire de l'occupation humaine (chasse, collecte, élevage, travail de la pierre et de l'os, traitement des peaux, usages domestiques) de cet abri. Les recherches ont prouvé pour la première fois dans les Andes, l'existence d'un processus de domestication in situ des camélidés à partir de 6000-5500 av. J.-C. Les analyses fauniques ont montré que l'abri était occupé saisonnièrement entre décembre et avril. Les résultats ont permis de retracer sur 7000 ans l'évolution du mode de vie des habitants des hauts-plateaux andins et le changement fondamental qui accompagna le passage de la chasse à l'élevage.
A ce jour, seules les phases 7 à 4 incluses sont publiées ; elles concernent l'occupation la plus ancienne : le Précéramique.