Le Centre de recherches archéologiques (CRA), créé en 1972 à la suite des choix du CNRS issus pour une bonne part des préconisations du " Rapport Seyrig " de 1989, et installé à Valbonne Sophia Antipolis (06) en 1975, était une fédération d'équipes de recherche répartie sur l'ensemble du territoire français, dotée de services communs parmi lesquels figuraient en bonne place un centre de documentation et une bibliothèque. Parmi les nombreuses missions confiées au CRA se trouvaient l'accueil et la coordination des chercheurs et des équipes travaillant à l'étranger.

La recommandation du dépôt par les équipes d'un exemplaire des demandes de financement des missions à l'étranger et des rapports qui l'accompagnent remonte donc à la création du CRA : les rapports faisaient partie de la littérature grise qui devait être cataloguée dans le cadre de la bibliothèque. Cette recommandation a été plus ou moins suivie par les chercheurs et les équipes, puis dans un second temps, en 1977, le CRA a pris l'initiative de publier des Lettres d'information sur l'actualité de la recherche, parmi lesquelles la Lettre d'information Archéologie Orientale (LIAO) placée sous la responsabilité de Nathalie Desse-Berset. Dans l'éditorial du premier fascicule de la Lettre, Jean Pouilloux, alors directeur du département SHS du CNRS, soulignait en décrivant l'essor de l'archéologie orientale dans les années 1970, "[La LIAO] en dressant l'inventaire des formations et des chantiers établit le cadre de cette communauté [des orientalistes] ; chroniques des fouilles et éphémérides tiennent le journal de la vie communautaire". Huit fascicules ont été publiés de 1978 à 1986. Cette initiative a été soutenue par Philippe Guillemin alors responsable de la Sous-direction de la recherche du ministère des Affaires étrangères, et à cette occasion une copie des dossiers de la Commission a été déposée au CRA pour faciliter la tâche de documentation nécessaire à la rédaction de la LIAO. Les dépôts ont été interrompus en même temps que cessait la publication de la LIAO.

Au début des années 1990, l'ensemble des institutions chargées de l'archéologie ont mené une réflexion sur la question des archives scientifiques. Le départ à la retraite de toute une classe d'âge de chercheurs posait de manière abrupte la question du devenir de la documentation qu'ils avaient accumulée dans le cadre de leurs fonctions. Les nouveaux moyens de production de l'information archéologique avaient motivé l'appel d'offres " ATP Archives de fouilles ". Par ailleurs, les lois et règlements sur l'accès aux documents administratifs impliquaient que les rapports scientifiques destinés aux différentes administrations devenaient des documents publics et consultables sous certaines conditions, alors qu'ils étaient considérés jusque là comme confidentiels.
Au CNRS, à la demande de Michel Gras, directeur scientifique adjoint, un rapport d'ensemble sur cette question des archives a été remis par Franck Braemer en 1994. Le ministère de la Culture a développé à ce moment les centres de documentation des directions régionales des Affaires culturelles (DRAC), le catalogage des rapports, et une publicité des travaux, entre autres par la publication des Bilans régionaux des Services régionaux d'archéologie (SRA). Ces décisions apportaient une solution pour l'archéologie métropolitaine. Au CNRS, la seule suite donnée à cette réflexion a été quelques années après la création du service des archives de la Maison René Ginouvès et la validation de cette fonction de centre d'archives pour le CRA.

Pour l'archéologie à l'étranger, le Ministère n'avait pas établi de politique dans ce domaine, les archives de la commission étant traitées et stockées strictement comme des archives administratives et non comme des archives scientifiques. Sollicitée par la direction scientifique du CNRS, la Sous-direction du Ministère, dont le responsable était alors Yves Saint-Geours, a accepté une discussion avec la direction du CRA, à l'issue de laquelle le choix a été fait du dépôt d'un exemplaire des rapports annuels des missions, afin que chacun soit catalogué et archivé au CRA. Mesdames C. Delobel au Ministère, M.-F. Holzerny, C. Bonfiglio et P. Brun au CRA ont été chargées de l'ensemble du processus. Le catalogue accessible en ligne sur le portail FRANTIQ, au même titre que les catalogues de bibliothèques, rendait public l'existence des rapports et leur consultation sur place était possible. Le Ministère a financé à cette occasion les achats d'étagères et de fournitures nécessaires à la présentation de la collection, le personnel du CRA assurait le catalogage et l'indexage (matière, géographie, chronologie) des documents.

En 2007, le ministère des Affaires étrangères et européennes a choisi de cesser le dépôt des dossiers de la
Commission au CRA (devenu alors le CEPAM).

Cet historique a été rédigé par M. Frank Braemer, responsable scientifique de la constitution de cette collection.