Les recherches de l'équipe Préhistoire en Méditerranée Orientale avaient pour cadre deux milieux géographiques différents :

• une île, Chypre, où sont étudiés les développements d'une colonisation en milieu insulaire : le Néolithique précéramique de Chypre ou Culture de Khirokitia, une civilisation originale, aboutissement au 7e millénaire d'un long processus dont les débuts remontent au 9e millénaire et qui s'est déroulé dans le milieu clos que constitue une île.
• les marges semi-arides, en Jordanie, où dans la vallée du Jourdain est étudié le développement de sociétés post néolithiques et en particulier les modifications d'ordre social et économique aussi bien que culturel qui conduisent à l'urbanisation.
  Les recherches s'organisent autour des thèmes suivants : environnement, architectures et organisation des espaces, mobilité : raisons et réseaux, évolution de l'économie, évolution des traits culturels dans un milieu insulaire.
  Les recherches de terrain s'appuient sur les fouilles de deux sites : le site de Khirokitia (Chypre) 7e-6e millénaires avant J.-C., réoccupé au 5e millénaire ; le site de Abu Hamid (Jordanie) fin du 6e-début du 4e millénaires.
  L'équipe étaient constituée de chercheurs permanents : Geneviève Dollfus, directrice de recherche CNRS, directrice de la mission archéologique de Abu Hamid, responsable de l'équipe PMO ; Alain Le Brun, directeur de recherche CNRS, directeur de la mission archéologique de Khirokitia ; Odile Daune-Le Brun, ingénieur de recherche CNRS.
  Elle comprenait des chercheurs et des enseignants chercheurs français et étrangers associés aux programmes de recherche (11 associés au programme "Chypre" et 12 associés au programme "Jordanie") ainsi que des doctorants et des post-doctorants.