Le site d'Ain Mallaha (Eynan en hébreu) est situé près du lac Houlèh, au pied de la Haute Galilée. Découvert par Jean Perrot en 1954, ce gisement de la période épipaléolithique (Natoufien) a été fouillé entre 1955 et 1961, puis de 1971 à 1976 et en 1979. François Valla participe à ces travaux à partir de 1971.
Fouilles Jean Perrot : 1955-1956 et 1959-1961
Fouilles de Beisamoun-Mallaha sous la direction Jean Perrot et de Monique Lechevallier :
Campagne de 1971 : du 18 août au 29 septembre
Campagne de 1972 : du 23 août au 14 septembre
Campagne de 1973 : du 26 août au 23 septembre
Campagne de 1974 : du 28 août au 6 octobre
Campagne de 1975 : du 1er juillet au 22 août et du 16 septembre au 17 octobre (les fouilles sont conduites par Monique Lechevallier. François R. Valla est associé à la direction des travaux)
Campagne de 1976 : du 5 juillet au 5 septembre et du 19 septembre au 2 octobre (François R. Valla est associé à la direction des travaux)
Campagne de vérification de 1979 : du 4 au 14 juin, dirigée par François R. Valla.
Les travaux ont mis en évidence l'existence d'un "village" qui a fourni la preuve que la vie sédentaire avait précédé la domestication des animaux et des plantes, vers 12500 avant notre ère. Les fouilles des années 1970 ont permis de définir une stratigraphie relative au Natoufien ancien, récent et final.

Entre 1996 et 2005, F. Valla reprend la direction des fouilles d'Ain Mallaha (Eynan) avec Hamoudi Khalaily afin d'établir une stratigraphie détaillée et d'exposer des sols d'habitat.
Le site de Mallaha est caractéristique de la période natoufienne (c. 12000-10000 av. J.-C.), qui voit la transition entre la fin du paléolithique et le début du néolithique et en particulier le début de la sédentarisation. En effet, des constructions circulaires et semi-circulaires semi-enterrées ont été dégagées ainsi que de nombreuses sépultures.
Les habitants de Mallaha vivaient de la chasse, de la pêche et de la cueillette. Le matériel mis au jour sont des objets en silex débité formant des lamelles ainsi que des objets servant au broyage (meules, pilons, mortiers).